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C i t r u s P a n g e n o m e 2 b r e e d i n g D a t a b a s e P B D H o m e J B r o w s e D a t a E x p r e s s i o n V a r i a t i o n s D N A M e t h y l o m e D N A M e t h y l o m e D N A M e t h y l o m e O r t h o l o g o u s G e n e s G e n e F u n c t i o n P a t h w a y C o l l i n e a r B l o c k s T o o l s G e n e S e a r c h S e q u e n c e F e t c h B L A S T G e n e I D C o n v e r t C R I S P R D e s i g n K E G G / G O E n r i c h m e n t G W A S B r o w s e r ( D I Y ) J B r o w s e J B r o w s e J B r o w s e D o w n l o a d A b o u t W h a t s N e w S t a t i s t i c s R e f e r e n c e s & P u b l i c a t i o n s R e l a t e d W e b s i t e s C o n t a c t U s H e l p C P B D : C i t r u s P a n g e n o m e t o B r e e d i n g D a t a b a s e ( T o t a l v i s i t s : 2 6 2 2 9 4 )       T h e g e n u s C i t r u s c o m p r i s e s m o r e t h a n 3 0 s p e c i e s . W e h a d p u b l i s h e d a d r a f t g e n o m e o f s w e e t o r a n g e a n d a C A P d a t a b a s e t o p r o v i d e a n i n i t i a l p l a t f o r m f o r g e n e t i c r e s e a r c h a n d b r e e d i n g . W i t h t h e r e c e n t l y r a p i d a c c u m u l a t i o n o f g e n o m e d a t a i n C i t r u s , w e u p d a t e d g e n o m e i n f o r m a t i o n o f C i t r u s s i n e n s i s ( t w o n e w v e r s i o n s ) . W e i n t e g r a t e d e i g h t p u b l i s h e d g e n o m e s i n c l u d i n g c l e m e n t i n e m a n d a r i n , p u m m e l o , m a n d a r i n , c i t r o n , I c h a n g p a p e d a , k u m q u a t , T r i f o l i a t e o r a n g e a n d C h i n e s e b o x o r a n g e , a n d a l s o s e q u e n c e d 1 2 n e w g e n o m e s ( u n p u b l i s h e d ) . A l l t h e s e d a t a , i n c l u d i n g 2 3 g e n o m e s o f 1 7 c i t r u s s p e c i e s ( 1 1 o f t h e m a r e p u b l i s h e d ) , g e n e e x p r e s s i o n o f 4 0 3 8 s a m p l e s ( 3 7 6 9 o f t h e m a r e p u b l i s h e d ) f r o m 1 3 h o r t i c u l t u r a l s p e c i e s , v a r i a t i o n s o f 1 6 7 c i t r u s a c c e s s i o n s m a p p e d t o t w o r e f e r e n c e g e n o m e , D N A m e t h y l o m e o f 4 4 s a m p l e s , o r t h o l o g o u s g e n e s a n d c o l i n e a r g e n e s b e t w e e n 2 3 g e n o m e s a n d g e n e f u n c t i o n a l a n n o t a t i o n o f 2 3 g e n o m e s c o n s i s t i n g o f G O , I P R , K E G G O r t h o l o g y a n d o t h e r a n a l y s i s , c a n b e r e t r i e v e d f r o m t h e p a g e s . P l e a s e s e e p a g e o f S t a t i s t i c s f o r d e t a i l e d i n f o r m a t i o n a b o u t d a t a o f t h i s d a t a b a s e . S e v e r a l u s e f u l t o o l s , i n c l u d i n g S e q u e n c e F e t c h , G e n e S e a r c h , B L A S T , C R I S P R D e s i g n , K E G G / G O E n r i c h m e n t , J B r o w s e a n d G e n o m e B r o w s e r , a r e a l s o a c c e s s i b l e i n t h i s d a t a b a s e . S e e p a g e o f A b o u t f o r m o r e h e l p . P l e a s e d o n o t u s e t h i s d a t a b a s e f o r c o m m e r c i a l p u r p o s e s o r g e n o m i c a n a l y s i s ! I f y o u u s e d t h e d a t a f r o m t h e d a t a b a s e , p l e a s e c i t e t h e p a p e r k i n d l y ! ( h t t p s : / / d o i . o r g / 1 0 . 1 0 1 6 / j . m o l p . 2 0 2 2 . 0 8 . 0 0 6 ) W h a t s N e w 2 0 2 4 / 0 3 / 2 7 A n e w g e n o m e , C i t r u s s i n e n s i s J i n h o n g B i n g t a n g ( B T C ) w a s a d d e d . 2 0 2 4 / 0 1 / 2 5 A n e w g e n o m e , C i t r u s m a x i m a H u a z h o u y o u t o m e n t o s a ( H Z Y T ) w a s a d d e d . D e t a i l 2 0 2 3 / 0 7 / 2 9 1 2 n e w g e n o m e s w e r e a d d e d . N o w a t o t a l o f 2 5 g e n o m e s h a v e b e e n p r o v i d e d t o d o w n l o a d ! D e t a i l 2 0 2 3 / 0 4 / 1 3 A n e w g e n o m e , F o r t u n e l l a h i n d s i i v 2 . 0 w a s a d d e d . D e t a i l R e s o u r c e s G e n e E x p r e s s i o n G e n e e x p r e s s i o n o f s a m p l e s w i t h d i f f e r e n t t r e a t m e n t f r o m 1 3 h o r t i c u l t u r a l c r o p s . V a r i a t i o n s M a p S N P & I n d e l i n 1 6 7 a c c e s s i o n s m a p p e d t o t w o r e f e r e n c e g e n o m e r e s p e c t i v e l y . G e n o m e B r o w s e r A g e n o m e b r o w s e r p r o v i d e d b y J B r o w s e 2 . 0 t o s h o w g e n o m e d e t a i l s . B l a s t A n e a s y t o u s e t o o l t o f i n d s i m i l a r s e q u e n c e s a n d s h o w t h e a l i g n m e n t . 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